个人常用shell记录(持续更新)

1.基础的shell替换 当有很多同类型后缀名的文件时,可以用这种方法替换来取文件名(去后缀名)。。 for i in `ls *.1.fastq` do i=${i/.1.fastq/} done 2.求和/平均值/最值 示例文件: cat a.txt 1 2 3 4 5 6


结构变异(SV)鉴定软件——svim-asm

0.svim-asm 介绍 svim-asm是一个基于基因组比对鉴定SV的软件,于2020年发布在Bioinformatics上(doi:10.1093/bioinformatics/btaa1034)。Github地址为eldariont/svim-asm: Structural Variant


结构变异(SV)鉴定软件——pbsv

0.pbsv简介 pbsv是一个基于reads比对鉴定SV的软件,首先把pbsv的Github放上来:PacificBiosciences/pbsv: pbsv - PacBio structural variant (SV) calling and analysis tools (github.c


结构变异(SV)鉴定软件——cuteSV(二)

0.软件介绍 之前曾经介绍过cuteSV适用于reads比对鉴定结构(SV) 结构变异(SV)鉴定软件——cuteSV(一)|HYG's note (houyinguang.com),现在发现cuteSV同时也支持基于全基因组比对鉴定结构变异。 github的Wiki界面为:Diploid asse


结构变异(SV)鉴定软件——cuteSV(一)

0.cuteSV简介 cuteSV是一款利用三代Longreads比对鉴定结构变异(SV)的软件,于2020发布在Genome Biol上。 github:tjiangHIT/cuteSV: Long read based human genomic structural variation det


Tau (Tau index score) 计算

1.文件准备+运行方法 Tau (tissue-specific gene expression)[组织特异性得分]:计算一个基因不同组织中特异性表达的打分,介于0-1之间,越接近1越特异。 The tau index indicates how specific or broadly expres


将show-snps结果文件转为vcf文件

0.前言 mummer4的show-snps可以根据nucmer的比对结果直接call出SNP以及indel。但常见的变异的文件格式都是vcf文件。因此在利用其他生信软件流程对变异文件进一步分析时,就需要将该snp转化为vcf文件。这里提供了一个perl程序实现这一功能。 vcf的文件格式:http


SRA数据下载

SRA数据下载 0.简介 主要讲如何通过利用aspera快速下载sra数据。 1.数据搜寻 一般大多数还是习惯在NCBI上检索数据,比如我随便搜索一个拟南芥的SRA数据。 SRR627952: 但是一般下载还是在EBI上下,EBI和NCBI SRA号是通用的。EBI下载界面比NCBI人性化很多,(2


Mcscan 试水

1.安装 1.1 依赖软件安装 MCScan github链接 依照github上的说明需要以下软件: LASTAL 需要的pytho


LncRNA鉴定

LncRNA鉴定 0.简介 主要参考一篇NC文章鉴定lncRNA流程。 https://www.nature.com/articles/s41467-018-07500-7 1.质控 #!/bin/bash for i in `ls *.fastq`;do x=${i/.fastq/}; ech